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第1章 R语言基础1

1.1 R语言简介1

1.1.1 R语言的开发历史1

1.1.2 R语言的特色与功能1

1.2 R语言的安装2

1.2.1 R软件的安装2

1.2.2 R软件包的安装3

1.3 R软件包的使用与引用4

1.3.1 软件包的载入、卸载与删除4

1.3.2 R或相关软件包的引用5

1.4 R使用简介6

1.4.1 R的界面设置6

1.4.2 R会话6

1.4.3 当前工作目录7

1.4.4 R命令7

1.4.5 命名字符集7

1.4.6 命令行的重复输入8

1.4.7 R命令行的注释8

1.4.8 保存先前命令产生的结果及变量的保存8

1.4.9 获取帮助9

1.4.10 R中对象的查找13

1.4.11 获取和设定环境变量14

1.5 R代码的编辑14

1.6 R运行环境的定制16

1.6.1 通过文件定制R环境16

1.6.2 通过定义．First（）函数与．Last（）函数定制R环境17

1.6.3 通过自定义普通函数执行初始化17

第2章 R的数据18

2.1 R的数据类型18

2.1.1 数值型（numeric）18

2.1.2 字符型（character）18

2.1.3 复数型（complex）19

2.1.4 逻辑型（logical）19

2.2 R中的数据组织方式19

2.2.1 向量19

2.2.2 纯量22

2.2.3 数组22

2.2.4 数据框24

2.2.5 列表26

2.2.6 时间系列数据27

2.2.7 因子27

2.3 数据类型的判断与强制转换29

2.3.1 数据类型的判断29

2.3.2 数据类型的强制转换29

2.4 数据的运算30

2.4.1 数学运算30

2.4.2 比较运算与逻辑运算31

2.4.3 数据的操作函数32

2.5 R中的对象42

2.6 数据的输入与输出45

2.6.1 数据的输入45

2.6.2 其他格式文件的输入48

2.6.3 数据的输出54

2.6.4 R中的数据集54

2.6.5 其他统计软件数据的读取55

2.7 数据的编辑55

2.7.1 数据编辑方法55

2.7.2 数据的融合56

第3章 R的图形绘制58

3.1 图形设备58

3.1.1 显示器图形设备58

3.1.2 文件设备59

3.1.3 打印机设备60

3.2 绘图区域与坐标系统60

3.2.1 设备区域60

3.2.2 图形区域设置61

3.2.3 坐标系统66

3.3 高级绘图函数67

3.3.1 简单的图形绘制67

3.3.2 颜色绘制68

3.3.3 文本字符69

3.3.4 坐标轴71

3.3.5 线73

3.3.6 符号75

3.4 其他高级绘图函数75

3.4.1 直方图75

3.4.2 柱状图76

3.4.3 箱线图77

3.4.4 饼图78

3.4.5 QQ绘制78

3.4.6 条件绘制79

3.4.7 散点阵列图80

3.4.8 地图绘制81

3.4.9 位图数据的显示82

3.5 低级绘图函数83

3.5.1 添加图元83

3.5.2 图形工具函数85

3.5.3 图形边缘标注与图例绘制86

3.5.4 轴绘制87

3.6 图形叠加绘制87

3.7 交互式图形函数89

第4章 概率分布91

4.1 单变量连续分布91

4.1.1 单变量正态分布91

4.1.2 对数正态分布93

4.1.3 Gamma类分布函数93

4.1.4 Beta类分布96

4.2 单变量离散分布97

4.2.1 二项分布97

4.2.2 泊松分布98

4.2.3 负二项分布99

4.3 经验分布及随机采样100

4.3.1 经验分布100

4.3.2 基于样本的随机数100

4.3.3 一个随机测试的例子101

第5章 程序控制结构与函数103

5.1 表达式103

5.1.1 简单表达式103

5.1.2 复合表达式103

5.2 R的控制结构103

5.2.1 分支结构103

5.2.2 循环结构107

5.3 函数108

5.3.1 函数的定义108

5.3.2 函数的参数109

5.3.3 作用域111

5.3.4 返回函数的函数113

5.3.5 函数的编辑113

5.3.6 程序调试114

第6章 渔业模型及参数估计118

6.1 渔业模型118

6.1.1 模型的概念118

6.1.2 渔业模型及假设118

6.1.3 参数估计与模型选择的不确定性119

6.2 模型参数的估计方法121

6.2.1 最小二乘法估计121

6.2.2 最大似然估计127

6.2.3 贝叶斯参数估计142

第7章 计算机模拟计算方法147

7.1 随机检验147

7.2 Jackknife方法152

7.3 Bootstrap方法154

7.3.1 一般Bootstrap方法154

7.3.2 平衡Bootstrap方法159

7.4 蒙特卡洛模拟160

第8章 鱼类的生长164

8.1 鱼类生长的数学模型164

8.1.1 体长与体重关系模型164

8.1.2 年龄与体长、体重的关系164

8.2 参数估计166

8.2.1 年龄与体长数据下的参数估计166

8.2.2 对于标志放流类数据170

8.2.3 其他生长方程的拟合171

8.3 生长方程模型的选择与比较172

8.3.1 生长方程模型的选择172

8.3.2 生长方程模型的比较173

第9章 亲体与补充量关系模型184

9.1 繁殖模型184

9.1.1 B-H模型184

9.1.2 Ricker模型185

9.1.3 Deriso-Schnute模型186

9.1.4 环境因素在繁殖模型中的作用186

9.1.5 繁殖模型的误差结构186

9.2 参数估计187

9.2.1 产卵生物量没有测量误差时的参数估计187

9.2.2 产卵生物量存在测量误差时的参数估计195

9.2.3 存在自相关性198

9.2.4 基于贝叶斯的参数估计200

第10章 世代动态模型202

10.1 鱼类的死亡与世代数量的变化202

10.2 单位补充量渔获尾数与产量202

10.3 单位补充量产量模型的应用204

10.3.1 计算不同F及开捕年龄下的单位补充量产量204

10.3.2 等渔获量曲线图208

10.3.3 F0.1 与Fmax210

第11章 单位捕捞努力量渔获量212

11.1 基本概念212

11.1.1 捕捞努力量212

11.1.2 单位捕捞努力量渔获量（CPUE）212

11.1.3 CPUE与资源量的关系213

11.1.4 CPUE与子区域CPUE的关系214

11.1.5 CPUE的标准化215

11.2 CPUE标准化模型与模型选择216

11.2.1 CPUE标准化模型216

11.2.2 模型的选择220

11.3 CPUE标准化中需注意的问题与展望221

11.3.1 捕捞量为零数据的处理221

11.3.2 交互效应的处理222

11.3.3 捕捞努力量的空间分布对CPUE标准化的影响223

11.3.4 数据尺度对CPUE标准化的影响223

11.3.5 多鱼种渔业的CPUE标准化223

11.3.6 未来展望223

11.4 CPUE标准化的例子224

11.4.1 GLM模型对CPUE的标准化224

11.4.2 贝叶斯方法对CPUE的标准化229

11.4.3 GAM对CPUE进行标准化232

11.4.4 一般线性混合模型对CPUE的标准化235

11.4.5 广义估计方程对CPUE的标准化240

第12章 生物量动态模型246

12.1 渔业资源评估模型的基本结构246

12.2 生物量动态模型的种群动态247

12.2.1 种群生物量动态模型247

12.2.2 Schaefer生物量动态模型249

12.3 生物量动态模型的参数估计250

12.3.1 回归方法250

12.3.2 时间系列方法254

12.3.3 Bootstrap方法估计参数的置信区间257

12.3.4 贝叶斯方法264

12.4 投影与风险分析278

12.5 r的先验设置280

参考文献285