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第1章 生物进化与群体遗传学1

1.1地球生命进化史1

1.1.1生命进化史的阶段性1

1.1.2生物进化中的物种概念和进化图谱5

1.1.3生物进化的复杂性8

1.2生物进化学说的产生10

1.2.1生物进化思想的形成和发展10

1.2.2先驱者们的生物进化学说13

1.2.3达尔文的生物进化论14

1.2.4达尔文生物进化论的意义19

1.3对达尔文进化论的修正20

1.3.1经典遗传学的建立和发展20

1.3.2数理统计学的建立和发展23

1.3.3从经典遗传学到分子遗传学24

1.3.4对达尔文进化论的两次修正26

1.3.5分子进化中性论28

1.4群体遗传学29

1.4.1孟德尔群体及其数量表示30

1.4.2影响生物进化的主要因素及其熵变规律33

1.4.3遗传多态性39

1.4.4群体中亲属关系的研究41

1.4.5重建系统树的研究43

第2章 群体平衡与熵45

2.1一对等位基因群体45

2.1.1群体的遗传结构45

2.1.2哈迪-温伯格定律46

2.1.3平衡群体的Shannon信息熵最大48

2.1.4平衡群体中的亲属关系50

2.1.5平衡的建立58

2.1.6平衡群体的性质59

2.1.7平衡的意义62

2.2复等位基因群体63

2.2.1复等位基因群体的遗传结构及其平衡63

2.2.2平衡群体的Shannon信息熵最大64

2.2.3平衡群体的性质66

2.2.4平衡群体中的亲属关系69

2.2.5随机样本资料分析70

2.2.6建立亲属间联合分布的ITO方法82

2.3两对基因群体88

2.3.1基因型频率、配子频率与基因频率88

2.3.2平衡群体89

2.3.3平衡的建立（独立遗传）90

2.3.4连锁时的平衡92

2.3.5两对基因平衡群体的信息分析93

2.3.6群体的纯合度J与杂合度H96

2.3.7 K对基因群体96

2.3.8基因频率与配子频率的最大似然估计97

2.4性连锁基因等群体105

2.4.1性连锁群体105

2.4.2同源多倍体群体121

2.4.3自交不育群体129

2.5小结131

第3章 非随机交配群体与熵133

3.1遗传型同型交配群体133

3.1.1遗传型同型交配对一对等位基因群体的影响133

3.1.2遗传同型交配对多对基因群体的影响141

3.1.3遗传同型交配对同源四倍体群体的影响142

3.2同胞交配群体144

3.3近亲繁殖的平衡群体152

3.3.1近亲繁殖的Wright平衡152

3.3.2平衡群体的一般定理154

3.4回交群体161

3.4.1从Aa开始用AA逐代回交161

3.4.2从AaBb开始用AABB逐代回交165

3.4.3利用回交排除不良基因166

3.4.4回交对多对基因群体的影响169

3.5表型选型交配与遗传非同型交配群体169

3.5.1表型同型交配169

3.5.2表型非同型交配和遗传非同型交配171

3.5.3不完全的表型非同型交配的群体172

3.6交配系统与群体（第3章小结）178

第4章 系统性过程与熵182

4.1基因突变、迁移与熵182

4.1.1基因突变与熵182

4.1.2迁移186

4.2自然选择及其数学模型188

4.2.1自然选择是达尔文进化论的核心188

4.2.2单位点选择的一般模型及其分析188

4.2.3遗传负荷191

4.2.4遗传死亡191

4.2.5自然选择的代价-替换负荷192

4.3针对不利基因a或A的选择192

4.3.1适应度的显性度192

4.3.2针对不利基因a的选择194

4.3.3针对不利基因A的选择200

4.4针对杂合子的单位点选择202

4.4.1有利于杂合子的选择203

4.4.2不利于杂合子的选择205

4.4.3依频选择207

4.4.4环境异质性选择208

4.5系统性因素综合作用下的平衡209

4.5.1突变-选择平衡210

4.5.2选择-迁移平衡213

4.6系统性过程与熵（第4章小结）215

4.6.1现代综合论对达尔文进化论的贡献215

4.6.2现代综合论的自然选择观215

4.6.3系统性过程与熵221

第5章 有限群体中的随机遗传漂变与熵222

5.1随机遗传漂变的Wright模型222

5.1.1离散过程是一个基因抽样过程223

5.1.2离散过程是一个近交过程227

5.1.3普遍小群体（无系统因素）的随机遗传漂变230

5.1.4最低限度近交233

5.2随机遗传漂变的马尔可夫过程分析233

5.2.1 Wright模型的马尔可夫过程分析234

5.2.2马尔可夫过程的近似扩散方程236

5.2.3 Wright模型及其扩广的Kolmogorov后顾方程238

5.2.4群体内的基因替换239

5.3维持自然群体遗传多态性的两种假说247

5.3.1自然群体中遗传多态性的普遍性248

5.3.2自然选择学说249

5.3.3中性突变-随机漂变假说253

5.4物种与群体的遗传变异262

5.4.1物种与物种形成263

5.4.2群体的遗传变异268

5.4.3分类学与系统学282

5.5随机遗传漂变与熵（第5章小结）283

5.5.1 Wright随机漂变模型的熵性质283

5.5.2马尔可夫过程分析283

5.5.3扩散近似法分析283

5.5.4关于自然选择学说与分子进化中性论之争的熵解释284

第6章 分子进化与熵285

6.1 DNA与基因285

6.1.1核酸285

6.1.2基因286

6.1.3遗传密码287

6.1.4基因组290

6.1.5氨基酸与蛋白质结构290

6.1.6 DNA序列的突变291

6.2分子系统学与分子进化机制293

6.2.1分子系统学梗概294

6.2.2分子进化的形式与机制301

6.3氨基酸序列的进化305

6.3.1 p距离及其校正距离dpc305

6.3.2 Γ距离dG及其特例307

6.3.3氨基酸进化距离的选择模型311

6.4 DNA序列的进化316

6.4.1两个序列间的核苷酸差异317

6.4.2核苷酸替代的数学模型及其分析318

6.4.3 Γ距离325

6.4.4不同进化距离的比较326

6.4.5关于DNA进化距离的进一步分析327

6.4.6关于新相对熵距离329

6.5分子进化与熵（第6章小结）334

6.6结束语334

参考文献336