进化生物技术 酶定向分子进化PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

进化生物技术 酶定向分子进化PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

目 录1

序1

前言1

第1章定向分子进化的思想、概念和原理1

1.1引言1

1.2体内进化2

1.3体外进化4

1.4in silico进化8

参考文献9

第2章定向分子进化的基本策略和方法11

2.1引言11

2.2基本策略11

2.3基本方法12

2.3.1易错PCR12

2.3.2 DNA改组和族改组13

2.3.3外显子改组16

2.3.4合成改组16

2.3.5体外随机引发重组17

2.3.6交错延伸18

2.4非同源基因改组19

2.4.1过渡模板随机嵌合19

2.3.7酶法体外随机－定位诱变19

2.4.2增长截短20

2.4.3非顺序同源蛋白质重组22

2.4.4合理设计与随机组合方法22

2.4.5模块组装24

2.4.6任意数量的碱基随机插入和缺失26

2.4.8设计的寡核苷酸组装28

2.4.7片段突变28

2.4.9体外区室化31

参考文献31

第3章定向分子进化的选择／筛选策略和方法34

3.1引言34

3.2核糖体和mRNA展示技术36

3.3噬菌体展示技术39

3.3.1噬菌体展示作为酶库筛选的工具39

3.3.2噬菌体－酶43

3.3.3噬菌体－酶的选择44

3.4酵母表面展示系统57

3.5酵母n－杂交系统59

3.5.1酵母双杂交检验59

3.5.2酵母双杂交系统61

3.6细菌双杂交（B2H）系统66

3.7蛋白质互补检验67

3.8.4蛋白质－小分子相互作用68

3.8.3蛋白质－RNA相互作用68

3.8.2蛋白质－DNA相互作用68

3.8.1蛋白质－蛋白质相互作用68

3.8酵母n－杂交系统的应用68

3.9环境库的构建和筛选69

参考文献73

第4章核酶和脱氧核酶定向分子进化76

4.1 引言76

4.2核酶81

4.2.1锤头型核酶81

4.2.3蛋白质－RNA复合酶（RNaseP）84

4.2 2发夹型核酶84

4.2.4组Ⅰ内含子和组Ⅱ内含子86

4.2.5环状核酶87

4.3脱氧核酶89

4.3.1 10-23结构脱氧核酶90

4.3.2 8-17结构脱氧核酶90

4.3.3手枪型结构脱氧核酶91

4.3.4 “二分”型结构脱氧核酶91

4.3.5环状结构脱氧核酶92

4.4.1拓展核酸顺序空间的新方法93

4.4核酶和脱氧核酶的体外进化93

4.4.2体外选择别构核酶97

4.4.3核酶的连续体外进化101

4.4.4核蛋白酶的体外选择102

4.4.5延伸蛋白质编码的核酶体外选择104

4.4.6体外选择环状核酶107

4.4.7核酶／脱氧核酶的催化潜能和进化策略110

参考文献113

5.1引言118

第5章蛋白质酶定向分子进化118

5.2.1基因复制119

5.2自然界蛋白质进化机制119

5.2.2串联复制120

5.2.3环状变换121

5.2.4寡聚合122

5.2.5基因融合122

5.2.6结构域募集123

5.2.7外显子改组124

5.3.1组合定向进化125

5.3定向分子进化125

5.3.2模块定向进化130

5.3.3杂合酶140

5.3.4定向共进化145

5.3.5适应性进化146

5.3.6稳定性和活性的进化150

5.3.7底物特异性的进化151

5.3.8对映体选择性的进化155

5.3.9（β/α）8－桶酶的功能进化170

5.4.1应用进化策略研究分支酸变位酶的结构和功能172

5.4应用进化策略研究酶的结构和功能172

5.4.2应用进化策略研究DNA聚合酶的结构和功能178

参考文献184

第6章外显子改组定向进化酶186

6.1引言186

6.2外显子改组的分子机制187

6.3蛋白质结构域是运动的功能模块189

6.4.1血液凝集和血纤维溶解的蛋白酶192

6.4外显子改组产生模块酶192

6.4.2模块交换的原理196

6.4.3模块交换的机制198

6.5体外外显子改组199

6.5.1策略和方法199

6.5.2组合结构域重组201

6.5.3体外外显子改组实例203

参考文献204

7.1引言206

第7章抗体酶定向分子进化206

7.2抗体酶定向分子进化策略207

7.2.1突变策略207

7.2.2组合抗体库策略208

7.2.3噬菌体抗体库209

7.2.4合成抗体库策略209

7.2.5结合荧光素scFv抗体库210

7.2.6 T－细胞受体策略210

7.3.1结合、催化和免疫组分策略211

7.2.7提高催化活性策略211

7.3抗体酶定向分子进化筛选／选择策略211

7.3.2理论检验策略212

7.4抗体酶定向分子进化筛选／选择方法216

7.4.1直接筛选216

7.4.2化学筛选216

7.4.3遗传选择217

7.4.4动力学选择219

7.4.5应用反应化合物体外选择抗体酶221

7.4.6催化抗－DNA抗体的筛选方法222

7.4.7选择性感染噬菌体223

参考文献224

第8章蛋白质组、代谢途径、病毒和细胞的定向进化225

8.1引言225

8.2结构基因组定向进化的策略和方法226

8.2.1融合报告227

8.2.2宿主细胞应激反应报告229

8.2.3直接检验229

8.3基因组改组230

8.3.1基因组改组改进泰乐菌素生产菌表型231

8.3.2基因组改组改进乳酸生产菌表型235

8.4生物合成途径定向进化237

8.4.1 β－葡糖苷酸酶定向进化237

8.4.2三嗪水解酶类定向进化239

8.4.3类胡萝卜素生物合成途径定向进化240

8.4.4 L－甲硫氨酸生物合成途径定向进化243

8.5病毒定向进化245

8.6微生物细胞定向进化248

参考文献250