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![简明生物信息学](https://www.shukui.net/cover/15/31504956.jpg)
- 钟扬等主编;马坚等编写 著
- 出版社: 北京:高等教育出版社
- ISBN:7040101599
- 出版时间:2001
- 标注页数:220页
- 文件大小:37MB
- 文件页数:227页
- 主题词:医用生物学
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图书目录
第一章 绪论1
1.1 生物信息学的产生与发展1
1.1.1 生产学发展与计算机应用1
1.1.2 生物信息学及分支学科2
1.1.3 生物信息学发展阶段与研究方向2
1.1.4 我国生物信息学研究的发展方向4
1.2 生物信息学基本方法与前沿技术4
1.2.1 基本方法4
1.2.2 前沿技术5
1.3 生物信息学的应用6
1.3.1 生物信息的经济价值与生物信息学市场6
1.3.2 基因组分析8
1.3.3 基因芯片9
1.3.4 药物开发9
1.3.5 其他应用领域10
1.4 生物信息学教育与学习15
1.4.1 生物信息学教育项目15
1.4.2 生物信息学的学习与实践17
1.4.3 本书要点18
阅读材料19
参考文献19
第二章 生物信息化学的计算机基础21
2.1 数据管理与数据库技术21
2.1.1 数据管理的3种形式及其特点21
2.1.2 数据库基本概念22
2.1.3 数据库体系结构的3个抽象级和两级数据独立性25
2.1.4 关系数据库26
2.1.5 数据库的保护28
2.1.6 数据库是高层应用的基础28
2.2 计算机网络与 Internet29
2.2.1 局域网与广域网29
2.2.2 客房机/服务器体系结构30
2.2.3 网络中的常用组件31
2.2.4 Internet及其发展31
2.2.5 TCP/IP协议32
2.2.6 IP地址和域名服务33
2.2.7 与Internet 的连接方式35
2.2.8 Internet提供的服务35
2.3 Internet上的高级信息管理42
2.4 Java及移动计算44
2.5 数据仓库和数据挖掘45
2.6 其他的计算机知识47
2.6.1 算法和算法分析47
2.6.3 配对算法48
2.6.2 相似性度量48
2.6.4 分类与聚类49
2.6.5 隐马尔可夫模型49
2.6.6 人工神经网络50
思考题50
阅读材料51
参考文献51
第三章 生物信息学资源与数据控掘工具52
3.1 引言52
3.2.1 基因组信息56
3.2 生物信息学资源56
3.2.2 蛋白质信息63
3.2.3 整合生物学信息67
3.3 分子数据挖掘工具72
3.3.1 序列相似性查询软件73
3.3.2 通用序列查询和模式识别工具78
3.3.3 构建序列查询协议81
3.3.4 数据挖掘工具例子——GeneMine82
思考题85
阅读材料85
参考文献85
第四章 DNA序列分析87
4.1 引言87
4.1.1 为什么要分析DNA序列87
4.1.2 基因结构与NDA序列分析88
4.2 表达序列标签分析90
4.2.1 cNDA文库与表达序列标签90
4.2.2 EST数据库92
4.2.3 EST分析93
4.2.4 电子克隆cDNA全长序列98
4.3 序列对位排列100
4.3.1 记分矩阵101
4.3.2 点标方法104
4.3.3 全局排列与局部排列105
4.3.4 CLUSTAL软件109
思考题114
阅读材料114
参考文献114
第五章 分子系统发育分析116
5.1 分子进化的基本概念116
5.1.1 同源性与同源性状116
5.1.2 类群117
5.1.3 系统(发育)树118
5.2.1 核苷酸序列进化120
5.2 分子进化模型与序列分歧度计算120
5.2.2 蛋白质编码序列进化121
5.2.3 核苷酸序列分歧度122
5.2.4 蛋白质编码序列分歧工123
5.3 分子系统树的构建124
5.3.1 距离矩阵法124
5.3.2 简约法128
5.4 分子系统树检验135
5.4.1 一致性指数与一致树136
5.4.2 统计检验137
5.5 分子系统发育分析软件及应用138
5.5.1 软件包138
5.5.2 应用实例142
思考题147
阅读材料147
参考文献147
第六章 基因组分析150
6.1 引言150
6.2.1 基因组的结构组成与稳定性151
6.2 基因组分析原理151
6.2.2 基因组作图155
6.2.3 基因组计划159
6.3 功能基因组学161
6.3.1 功能基因与功能基因组学161
6.3.2 非确定读码(URF)162
6.3.3 直系同源体簇(COG)163
6.4.1 基本原理166
6.4 比较基因组学166
6.4.2 主要方法167
6.4.3 功能网络169
6.5 基因组分析系统实例——ACeDB170
6.5.1 ACeDB的主要结构与功能171
6.5.2 ACeDB的应用实例173
思考题176
阅读材料176
参考文献177
7.1.1 什么是蛋白质组179
第七章 蛋白质组分析179
7.1 引言179
7.1.2 为什么需要蛋白质组学180
7.1.3 蛋白质组研究的发展180
7.1.4 蛋白质分析中的信息学工具181
7.2 蛋白质组分析技术181
7.2.1 蛋白质组分析的出发点181
7.2.2 蛋白质组分析的技术路线182
7.2.3 蛋白质组分析的关键技术183
7.2.4 蛋白质组分析模型与数据库189
7.2.5 SWISS-PROT应用实例195
思考题198
阅读材料198
参考文献199
附录1 生物信息学相关网址201
附录2 生物信息学相关刊物211
附录3 英汉名词索引213
附录4 缩略词表217