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第一章 肉鸡资源群体的建立1

第一节 东北农业大学肉鸡腹脂双向选择品系1

一、概述1

二、控制鸡体内脂肪沉积的研究进展1

三、东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系5

四、高、低脂系肉鸡肌肉、肝脏脂肪含量的比较7

五、高、低脂系肉鸡血脂生化指标的比较分析9

第二节 东北农业大学F资源群体15

一、概述15

二、东北农业大学F2资源群体的基本信息16

参考文献18

第二章 鸡脂肪组织的发育生物学研究24

第一节 脂肪组织的起源和形成24

一、脂肪组织的起源24

二、脂肪组织的形成26

三、不同部位脂肪组织的异质性27

四、同一部位脂肪组织的潜在异质性29

第二节 脂肪组织的功能和分布29

一、脂肪组织功能概述29

二、脂肪组织的分布特点30

三、白色脂肪组织和棕色脂肪组织31

第三节高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织的组织学观察与分析32

一、高、低脂系肉鸡体重、腹脂重及腹脂率的比较33

二、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织的组织学差异33

三、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织中总细胞数量的比较38

四、高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织细胞增殖能力的比较38

参考文献40

第三章 鸡生长与腹脂性状的QTL定位研究46

第一节 鸡生长和腹脂性状QTL的初步定位47

一、微卫星标记参数及家系遗传结构分析47

二、遗传连锁图谱的构建48

三、影响鸡体重和腹脂性状QTL的初步定位50

第二节 鸡体重和腹脂性状QTL的精细定位58

一、增加标记密度精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL58

二、扩大检测群体规模精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL61

三、进一步扩大检测群体规模精细定位影响鸡体重和腹脂性状的QTL63

四、单倍型分析精细定位影响鸡体重的QTL70

参考文献76

第四章 鸡脂肪性状的全基因组关联分析、选择信号检测及拷贝数变异分析79

第一节 鸡脂肪性状全基因组关联分析研究79

一、全基因组关联分析研究的概念79

二、全基因组关联研究效应的估计方法79

三、鸡重要性状的全基因组关联研究进展80

四、高、低脂系肉鸡腹脂性状全基因组关联分析研究81

第二节高、低脂系肉鸡选择信号分析85

一、选择信号的概念85

二、选择信号的检测方法86

三、鸡全基因组选择信号分析研究进展87

四、高、低脂系肉鸡选择信号的检测87

第三节高、低脂系肉鸡拷贝数变异分析101

一、拷贝数变异的概念101

二、拷贝数变异的检测方法101

三、鸡拷贝数变异的研究进展102

四、高、低脂系肉鸡拷贝数变异的检测102

参考文献107

第五章 基因间互作效应对肉鸡腹脂性状的影响112

第一节 基因互作效应简介112

一、互作效应的概念112

二、检测互作效应的统计方法112

第二节 候选基因互作效应研究114

一、基因互作效应对畜禽复杂性状遗传学影响的研究进展114

二、候选基因多态性位点间互作效应对肉鸡腹脂性状的影响116

第三节 全基因组SNP互作效应对肉鸡腹脂性状的影响137

一、检测全基因组SNP互作效应的统计方法137

二、SNP-SNP网络的相关研究进展142

三、全基因组范围内SNP互作效应对肉鸡腹脂性状的影响143

参考文献157

第六章 鸡脂肪生长发育相关重要基因和蛋白质的筛选166

第一节 鸡脂质代谢的特点166

一、脂肪酸的合成及运输166

二、脂肪的合成、运输及分解167

三、脂肪的沉积168

第二节 鸡脂肪生长发育相关重要基因的筛选169

一、肉鸡和蛋鸡间脂肪和肝脏组织差异表达基因的筛选170

二、高、低脂系肉鸡脂肪和肝脏组织差异表达基因的筛选173

第三节 鸡脂肪生长发育相关重要蛋白质的筛选182

参考文献189

第七章 重要候选基因与鸡体脂性状的相关研究194

第一节 动物分子育种概述194

一、标记辅助选择介绍195

二、影响标记辅助选择效率的因素195

三、影响畜禽肉质性状的基因或分子标记的研究进展197

四、标记辅助选择的应用197

第二节 鸡肌肉生长抑制素（Myostatin）基因多态性与体脂性状的相关研究198

一、Myostatin基因单核苷酸多态性的检测199

二、不同品种（系）鸡Myostatin SNP基因型和等位基因频率分布200

三、Myostatin基因单核苷酸多态性与体脂性状的相关研究202

第三节 鸡解偶联蛋白（UCP）基因多态性与体脂性状的相关研究203

一、UCP基因多态性的检测203

二、不同品种（系）中UCP基因SNP等位基因和基因型频率分布204

三、鸡UCP基因多态性与屠体性状的相关分析205

第四节 鸡瘦蛋白受体（OBR）基因多态性与体脂性状的相关研究208

一、OBR基因单核苷酸多态性的检测209

二、不同品种（系）OBR基因外显子9的c.8187 C＞A突变位点基因型和等位基因频率比较210

三、OBR基因单核苷酸多态性与体脂性状的相关研究210

第五节 鸡胰岛素样生长因子2 （IGF2）基因多态性与体脂性状的相关研究212

一、IGF2基因多态性检测212

二、鸡IGF2突变位点在不同品种（系）中等位基因频率和基因型频率分布213

三、IGF2基因单核苷酸多态性与鸡体脂性状的相关分析213

第六节 鸡脂肪酸结合蛋白 （FABP） 基基因多态性与体脂性状的相关研究214

一、鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究215

二、鸡心脏型脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究221

三、鸡肠型脂肪酸结合蛋白（I-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究224

四、鸡肝脏型脂肪酸结合蛋白（L-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究226

五、鸡肝脏基础型脂肪酸结合蛋白（Lb-FABP）基因多态性与体脂性状的相关研究229

第七节 鸡黑素皮质素受体4 （MC4R ）基因多态性与体脂性状的相关研究232

一、鸡MC4R基因多态性检测232

二、突变位点多态性与生长性状的相关分析233

第八节 鸡苹果酸脱氧酶（MD）基因多态性与体脂性状的相关研究235

一、鸡MD基因单核苷酸多态性检测及基因型分析235

二、MD基因单核苷酸多态性与鸡体脂性状的相关分析236

第九节 鸡载脂蛋白B （ApoB）基因多态性与体脂性状的相关研究237

一、鸡ApoB基因多态性检测237

二、鸡ApoB基因多态性与体脂性状的相关分析239

第十节 鸡类胰岛素生长因子结合蛋白2 （IGFBP2 ）基因多态性与体重和腹脂性状的相关研究241

一、IGFBP2基因多态性检测241

二、不同品种（系）鸡IGFBP2基因g.1196 C＞A等位基因和基因型频率分布242

三、IGFBP2基因多态性与肉鸡生长和屠体性状的相关分析242

第十一节 鸡甲状腺激素应答蛋白（Spot14α）基因多态性与体重性状的相关研究245

一、鸡Spot14α基因多态性检测及基因型分析245

二、鸡Spot14α基因多态性与体重性状的相关分析247

三、Spot14α基因在东农F2群体中的单倍型分析249

第十二节 鸡胰岛素样生长因子1 （IGF1）基因及其受体（IGF1 R ）基因多态性与体脂性状的相关研究251

一、鸡IGF1、 IGF1 R基因多态性检测251

二、鸡IGF1、 IGF1 R基因多态性与体脂性状的相关分析252

第十三节 鸡乙酰辅酶A羧化酶α （ACCα）基因与体脂性状的相关研究255

一、鸡ACCα基因多态性检测和基因分型256

二、鸡ACCα基因多态性与体脂性状的相关分析256

第十四节 鸡过氧化物酶体增殖剂激活受体γ （PPARγ）基因多态性与体脂性状的相关研究258

一、鸡PPARγ基因多态性检测258

二、单倍型构建及连锁不平衡程度分析259

三、PPARγ基因单倍型多态性与鸡生长和体组成性状的相关分析260

第十五节鸡CCAAT增强子结合蛋白α （C/EBPα）基因多态性与体脂性状的相关研究260

一、鸡C/EBPα基因序列分析及多态性检测261

二、C/EBPα基因多态性与鸡体脂性状的相关分析262

第十六节 鸡视网膜母细胞瘤基因1 （RB1）基因多态性与体重性状的相关研究263

一、SNP分型结果264

二、单位点SNP与鸡体重的相关分析264

三、单倍型与鸡体重的相关分析267

第十七节 鸡脂肪酸合成酶（FAS）基因多态性与体脂性状的相关研究269

一、FA S基因多态性检测269

二、鸡FA S基因与体脂性状的相关分析270

第十八节 鸡腹脂性状重要基因功能性SNP鉴定研究271

一、鸡载脂蛋白AI（Apo-A I）基因功能性SNP的鉴定与分析271

二、鸡类胰岛素生长因子结合蛋白2 （ IGFBP2 ）基因功能性SNP的鉴定与分析274

参考文献278

第八章 鸡脂肪细胞的培养291

第一节 脂肪细胞的来源、分布、结构和功能291

一、脂肪细胞的来源291

二、脂肪细胞的分布292

三、脂肪细胞的结构293

四、脂肪细胞的功能293

第二节 鸡脂肪细胞的离体培养294

一、前脂肪细胞的培养模式及其特点294

二、前脂肪细胞的增殖与分化297

第三节 油酸对鸡原代细胞的诱导分化作用308

一、油酸诱导鸡成纤维细胞转分化为脂肪样细胞308

二、油酸诱导鸡前脂肪细胞分化为脂肪细胞311

参考文献315

第九章 鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）的功能研究323

第一节鸡A-FABP基因的时空表达规律分析324

一、鸡A-FABP基因的克隆与序列分析324

二、鸡A-FABP基因在不同组织中的表达分析324

三、鸡A-FABP基因在高、低脂系肉鸡脂肪组织中的表达差异分析325

第二节鸡A-FABP基因在脂类代谢中的功能研究327

一、鸡A-FABP在“前脂肪细胞—诱导—转染”过程中的功能研究327

二、鸡A-FABP在“前脂肪细胞—转染—诱导”过程中的功能研究333

三、前脂肪细胞中鸡A-FABP的功能研究337

参考文献341

第十章 其他脂肪酸结合蛋白家族基因的功能研究345

第一节鸡H-FABP基因346

一、鸡H-FABP基因的克隆与序列分析346

二、鸡H-FABP基因的时空表达规律分析347

第二节鸡I-FABP基因349

一、鸡I-FABP基因的克隆与序列分析349

二、鸡I-FABP基因的时空表达规律分析349

第三节鸡L-FABP基因352

一、鸡L-FABP基因的时空表达规律分析352

二、鸡L-FABP基因的功能研究358

三、鸡L-FABP基因的转录调控研究363

第四节鸡L-BABP基因365

一、鸡L-BABP基因的组织表达特性分析365

二、鸡L-BABP基因在高、低脂系肉鸡肝脏组织中的表达差异分析365

三、鸡L-BABP基因的功能研究369

四、鸡L-BABP基因的转录调控研究375

五、鸡L-BABP和L-FABP配基结合属性研究377

参考文献379

第十一章 鸡PPARγ基因的功能研究384

第一节 鸡PPARγ基因的时空表达规律分析385

一、鸡PPARγ基因在mRNA水平的时空表达规律分析385

二、鸡PPARγ基因在蛋白质水平的时空表达规律分析387

第二节PPARγ基因对鸡前脂肪细胞和鸡胚成纤维细胞增殖与分化的影响389

一、PPARγ基因对鸡前脂肪细胞增殖与分化的影响389

二、PPARγ基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用395

第三节 鸡PPARγ基因启动子的克隆及活性分析399

一、鸡PPARγ基因启动子的克隆及序列分析399

二、鸡PPARγ基因5侧翼区的启动子活性分析400

第四节 PPARγ基因对脂质代谢调控机制的生物信息学分析401

一、Motif与筛选压力的确定402

二、PPARγ靶基因数据集的获取与功能基因组学分析402

参考文献405

第十二章鸡C/EBPα基因和SREBP1基因的功能研究410

第一节鸡C/EBPα基因的功能研究410

一、鸡C/EBPα基因的时空表达规律分析411

二、鸡C/EBPα基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用412

三、鸡C/EBPα对PPARγ基因的转录调控作用414

四、鸡C/EBPα对L-FABP基因的转录调控作用418

第二节鸡SREBP1基因的功能研究420

一、鸡SREBP 1基因的时空表达规律分析421

二、鸡SREBP1基因对鸡胚成纤维细胞的转分化作用422

三、鸡SREBP 1基因的转录调控作用分析423

参考文献424

第十三章KLF家族基因的功能研究429

第一节鸡KLF2基因的功能研究431

一、鸡KLF2基因的克隆和序列分析431

二、鸡KLF2基因的表达特性分析431

三、鸡KLF2基因对鸡前脂肪细胞分化的影响434

四、鸡KLF2对C/EBPα和PPARγ基因的表达调控研究435

第二节 鸡KLF3基因的功能研究436

一、鸡KLF3基因CDS区的克隆437

二、鸡KLF3基因的时空表达规律分析437

三、鸡KLF3对脂肪组织发育重要基因启动子活性的影响439

四、突变PVDLT模序中的Asp残基对鸡KLF3调控活性的影响441

第三节 鸡KLF7基因的功能研究442

一、鸡KLF7基因CDS区的克隆及结构分析443

二、鸡KLF7基因的表达特性分析443

三、鸡KLF7基因对鸡前脂肪细胞分化和增殖的影响447

四、鸡KLF7对脂肪细胞分化标志基因启动子活性的影响447

五、鸡KLF7基因辅助因子的相关研究448

六、鸡KLF7基因多态性与鸡7周龄屠体性状的相关研究457

参考文献458

第十四章 其他与鸡脂肪组织生长发育相关基因的功能研究462

第一节鸡Peril ipin 1基因的功能研究462

一、鸡Perilipin1基因的克隆463

二、鸡Perilipin1基因的组织表达特性分析466

三、鸡Perilipin 1的亚细胞定位468

四、鸡Perilipin1基因的功能研究469

五、鸡Perilipin1基因启动子的克隆及活性分析471

第二节鸡LPL基因的功能研究478

一、鸡LPL基因启动子的克隆及序列分析478

二、鸡LPL基因启动子的活性分析479

参考文献481

第十五章 鸡脂肪组织生长发育的表观遗传学研究484

第一节 鸡脂质代谢相关microRNA的筛选484

一、肉鸡前脂肪细胞microRNA的分析鉴定484

二、高、低脂系肉鸡前脂肪细胞差异表达microRNA的筛选490

第二节DNA甲基化与鸡脂肪组织的生长发育498

一、鸡PPARγ基因启动子区DNA甲基化分析498

二、鸡C/EBPα基因启动子区DNA甲基化分析501

三、DNA甲基化在鸡脂肪组织生长发育中的作用503

参考文献506

第十六章 鸡脂肪组织生长发育的分子遗传学基础研究展望511

第一节 脂肪生成关键基因的系统筛选511

一、基因组重测序512

二、系统遗传学514

三、遗传大数据516

第二节 脂肪生成关键基因的功能研究及调控机制解析517

一、基因功能研究517

二、基因调控模式研究518

三、结语519

参考文献519

索引524